百合学院小学校は、創立以来60年以上にわたってカトリック精神を基盤に、女子教育を行っています。女子の特徴をいかせるよう、すべての学習の土台となる「ことばの教育」の研究を進めています。国語科の「あのね帳」「日記」「作文」などの形で、各学年が「書く」課題に取り組んでいます。算数科では、子どもたちの「数学的思考力」を育成するために、絵や図を書いたり、ことばで説明する活動もしています。このような取り組みを通し、「女子のねばり強さ」をいかした教育で、思考力・判断力に優れた女子を育てています。また、国際理解教育にも力を入れており、1年生から週3時間のネイティブによる会話中心の「使える英語」授業を展開しています。また、英語検定に挑戦する児童を対象に放課後補習授業を行い、5～2級に合格しています。
放課後学童保育[ナザレトクラブ]を実施しています。専任指導員が指導者となり、宿題などの学習や遊びはもちろん、季節の行事なども盛り込みながら、放課後の時間を楽しく有意義に過ごすことができます。最長で午後7時まで、夏休み、長期休業中も実施しているのも魅力です。