奈良学園小学校では、小学校、中学校、高等学校という従来の枠組みを超えて、12年一貫教育システムを採用しています。小学校から高等学校までの12年間を、4年毎のターム（期間）に区切り4-4-4制のカリキュラムを展開することで、より発達段階に応じた教育を行っています。縦割りグループを作り、清掃活動に取り組んだり、Primary（小1～4）では集団登下校を行ったりと異学齢交流活動を充実させ、子どもたちの社会性やリーダーシップを育成しています。また、同じ敷地内で幼稚園児から高校生までの子どもたちが共に学んでいます。年上の子に優しく接してもらったり、年下の子がどうすれば喜ぶのかと考えたりすることで、憧れと慈しみの気持ちが生まれ、より豊かな人間へ成長していきます。全教室にはe黒板を導入しており、動画や教員が作成したオリジナル教材などを活用して子どもたちの興味関心を高め、充実した授業を展開しています。Middle（小5・小6）からは全教科専科制となり、より専門的な指導を行っています。